طبق مدرکي که در دست است شيخ صفي الدين اردبيلي مذهب شافعي داشته است.

حمد الله موستوفي در کتاب نزهه القلوب به اين مسئله اينگونه اشاره کرده است: "مردم اردبيل اکثر بر مذهب امام شافعي اند و مريد شيخ صفي الدين عليه الرحمه"

ديگر اينکه در احسن التواريخ به نامه اي که عبيدخان ازبک در سال 1350 به شاه طهماسب نوشته اشاره مي کند که شيخ صفي الدين به مذهب تسنن و جماعت تمايل داسته است.

 اينکه چه مسئله اي باعث شده است که شيخ جنيد به يکباره چنين تصميمي گرفته و دست به چنين کاري بزند ، جاي سوال است. آنچه مسلم است اين است که روند تصوف در خاندان صفوي پس از شيخ صفي به گونه اي ديگر رقم خورده و ظاهري اجتماعي سياسي به خود گرفت. بنابراين به روي کار آمدن جنيد را در سلسله صفويه بايد آغاز مقطعي جديد در تاريخ سياسي اين خاندان به شمار آورد.